วัดศรีษะทองสร้างจากการร่วมแรงร่วมใจของชาวบ้าน ซึ่งส่วนใหญ่เป็นชาวลาวที่อพยพมาจากเวียงจันทน์ในสมัยรัตนโกสินทร์ตอนต้น ในขณะที่มีการขุดดินสำหรับสร้างวัด ได้พบเศียรพระทองจมอยู่ในดิน จึงถือเป็นนิมิตที่ดี เลยได้ตั้งชื่อวัดนี้ว่า “วัดหัวทอง” ตั้งแต่นั้นมา เจ้าอาวาสองค์แรกคือ หลวงพ่อไต เป็นชาวลาวที่มาจากเวียงจันทน์ จากวัดเล็กๆ กลายมาเป็นวัดใหญ่ สืบทอดเจ้าอาวาสมาอีก 6 รุ่นจนมาถึง สมัยหลวงพ่อน้อย นาวารัตน์
ซึ่งได้สร้างความเจริญรุ่งเรืองให้แก่วัดและหมู่บ้านเป็นอย่างมาก ต่อมาทางการได้ขุดคลองเจดีย์บูชา แยกจากแม่น้ำนครชัยศรี ไปยังองค์พระปฐมเจดีย์เพื่อสะดวกในการเสด็จพระราชดำเนินไปนมัสการองค์พระปฐมเจดีย์ คลองนี้ผ่านพื้นที่ทางตอนใต้ของวัดหัวทองและหมู่บ้าน ชาวบ้านจึงอพยพมาอยู่ใกล้คลองเพราะสะดวกในการคมนาคม วัดนี้จึงย้ายจากที่เดิมมาอยู่ใกล้คลองเจดีย์บูชาและเปลี่ยนชื่อเป็น “วัดศีรษะทอง” ต่อมาทางราชการได้ยกขึ้นเป็นตำบลศีรษะทองสืบมาจนถึงทุกวันนี้ ที่วัดศีรษะทองนี้มีประชาชนเป็นจำนวนมากที่นับถือ และนิยมมานมัสการพระราหู ที่มีความศักดิ์สิทธิ์ ณ วัดศีรษะทองนี้ เพื่อความเป็นศิริมงคล
หลวงพ่อน้อยมีนามเดินว่า "น้อย นาวารัตน์" เกิดเมื่อวันที่ 14 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2435 ตรงกับวันแรม 13 ค่ำ ปีมะโรง )ที่บ้านตำบลศรีษะทองในปัจจุบัน) บิดาชื่อนายมาและมารดาชื่อนางมี นาวารัตน์ หลวงพ่อน้อยมีพี่น้องทั้งหมด 5 คน หลวงพ่อน้อยท่านเป็นน้องคนสุดท้อง โยมบิดาของหลวงพ่อน้อยเป็นหมอ รักษาโรคแบบแผนโบราณและเป็นหมอไสยศาสตร์ที่เก่งกล้าทางอาคม ชาวบ้านเรียกกันว่า "พ่อหมอ" อยู่ยงคงกระพันขนาดเอามีดคมๆ สับเนื้อหนังตนเองให้ดูได้สบายไม่ระคายเคืองผิวหนังเลย ในสมัยที่ยังเป็นหนุ่มท่านเคยสู้กับนักเลงต่างบางถึงขั้นถูกรุม "พ่อหมอ" คนเดียว "พ่อหมอ" ยังไล่ฟันพวกนักเลงต่างบางด้วยดาบยับเยินไปทุกคน ขึ้นชื่อว่า "พ่อหมอ" นักเลงรุ่นนั้นเป็นส่ายหน้าหนีจนเป็นที่เลื่อมใสของคนลาวโดยทั่วไป
ในสมัยที่หลวงพ่อน้อยยังอยู่ในเพศฆราวาสนั้นกล่าวกันว่าท่านเป็นผู้ที่มีความขยันขันแข็งเป็นอันมาก ช่วยโยมมารดาทำนาปลูกผักอยู่เป็นประจำครั้นว่างจากงานก็ศึกษาอักขระเลขยันต์คาถาอาคมไสยศาสตร์ ตลอดจนตำรับยาจากโยมบิดาจนเจนจบครั้งเมื่อท่านอายุได้ 21 ปี เป็นนิมิตหมายที่ดีในวันพฤหัสบดีขึ้น 12 ค่ำ ปีฉลู ตรงกับวันที่ 14 เมษายน พ.ศ. 2456 ท่านก็ได้บวชเข้าสู่ร่มบวรพุทธศาสนาด้วยความศรัทธาอันแน่วแน่ที่มีอยู่เป็นนิสัย
โดยมีพระอธิการยิ้ว เจ้าอาวาสวัดแคเป็นพระอุปฌาจารย์, พระอธิการเกิด วัดงิ้วรายเป็นพระกรรมวาจาจารย์และพระภิกษุมุน วัดกลางคูเวียงเป็นพระอนุสาวนาจารย์ได้รับฉายาว่า "คนธโชโต" จำพรรษาอยู่ที่วัดแคอยู่ระยะหนึ่งจึงได้ย้ายมาจำพรรษาที่วัดศรีษะทอง ในระยะนั้นหลวงพ่อลีเป็น เจ้าอาวาสอยู่และท่านก็ได้ศึกษาวิชาการต่าง ๆ ที่ได้สืบทอดกันมาตั้งแต่สมัยที่หลวงพ่อไตรเป็นเจ้าอาวาสวัดศรีษะทอง เช่น วิชาการสร้างวัวธนูและราหูอมจันทร์ เป็นต้น
เมื่อหลวงพ่อน้อยได้มีพรรษาที่สูงขึ้นก็พอดีกับพระอธิการช้อยซึ่งเป็นเจ้าอาวาส ครองวัดต่อจากหลวงพ่อลีได้ลาสิขาไป บรรดาญาติโยมอุบาสกอุบาสิกาจึงได้นิมนต์หลวงพ่อน้อยขึ้นเป็นเจ้าอาวาสท่านได้ปฏิบัติตนตามสมควร ให้สมกับเจตนาของญาติโยมและพัฒนาวัดจนมีความเจริญรุ่งเรืองเป็นอย่างมาก และต่อมาท่านก็ได้รับตำแหน่งเจ้าคณะตำบลปกครองวัดในเขตตำบลของท่านเป็นตำแหน่งสุดท้าย
